治疗早晚早期治疗的病例无死亡；中期治疗的病例病死率为3.3%;晚期治疗的病例病死率为24.9%。年龄年龄越小，脑膜炎症发展越快，病情越严重，病死率越高。病型浆液型预后好，脑膜脑炎型预后差。结核菌耐药型原发耐药菌株感染，此类菌株感染后的疗效差，病死率高。治疗方法剂量不足或疗程不够可以使病程迁延，复发，出现并发症。
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