疼痛是男性泌尿生殖系统疾病中常见的症状之一，有时是隐隐作痛、有时是剧烈的绞痛。疼痛除位于病变所在部位外，多伴有放射痛。而且疼痛位置的不同，所代表的疾病原因也各不相同。
1、输尿管疼痛：上段疼痛可放射至同侧髌嵴范围，发生在右侧时容易与阑尾炎的疼痛相混淆。中段疼痛可放射至股内侧或更低。下段疼痛可放射至耻骨上区、外阴部或同侧睾丸。
2、膀胱疼痛：多在耻骨上部区域，并可放射至腹股沟区、会阴部、骶后部或脐部。多出于炎症、肿瘤、结石而引起，常与排尿有关，膀胱过度膨胀或强力收缩都可以引起疼痛。
3、尿道疼痛：指沿尿道放射的疼痛。多由炎症或结石引起，排尿时疼痛更加剧烈。后尿道病变的疼痛可反映在阴茎或前尿道，而前尿道病变的疼痛可反映在尿道外口处。此外，肾、输尿管、膀胱病变所引起的疼痛也可放射到尿道。
4、其他疼痛：睾丸、附睾和精索的疼痛多由于炎症、损伤、精索扭转或静脉曲张所致。表现为局部疼痛，有时牵涉到腹股沟区。前列腺，精囊病变可引起会阴部、直肠或下腹部钝痛，有时放射到尿道。
