病因目前强直性脊柱炎的病因不明，其中环境因素与遗传特性（易感性）是导致强 直性脊柱炎发病的两个重要因素。科学家们已经发现在90%的患者中有一种称为 HLA-B27的基因与本病有关，但是，有HLA-B27基因并不意味着就一定会得强直 性脊柱炎。一个携带有HLA-B27基因的人，如果他的亲属中没有人患有强直性脊 柱炎，那么他本人患强直性脊柱炎的可能性只有2%。对于父母或兄弟姐妹患有强 直性脊柱炎而本人又带有HLA-B27基因的人，患病的概率也只有20%。所以，除 了 HLA-B27基因外还有别的因素导致了强直性脊柱炎的发生，如肠道细菌及肠道炎症。
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