霉菌污染
花生是一种富含油脂的种子类食物，营养成分很好，易滋生黄曲霉，黄曲霉会滋生黄色菌群，导致花生芽变黄、腐烂。这种发黄花生芽不能食用，因为黄曲霉素是剧毒物质，食用会导致中毒，严重甚至出现死亡；除此之外还有致畸作用，孕妇食用对宝宝伤害极大。
氧化变黄
花生中富含油脂成分，如果培育不当，花生芽活性很低，不会正常生长，但是丰富的水分、适宜的温度、高活性的过氧化酶类会导致花生芽中的油脂成分氧化，有可能出现花生芽变黄的情况。这种情况下发黄的花生芽不建议食用，因为花生芽氧化变黄的过程中很容易出现腐败变质的情况。
